У фармацевтичній промисловості використовуються системи чистих приміщень, що включають в себе кімнати різних класів чистоти, призначені для різних етапів виробничого процесу. Планування приміщень повинно відповідати логічній послідовності виробничих операцій та вимогам щодо чистоти, зводити до мінімуму можливість змішування різних лікарських засобів або їх компонентів, перехресного забруднення. Найважливішим показником технічного рівня виконання чистого приміщення є рівень інтелекту системи керування.